법인세·소득세

의료법인의 의사 인건비와 약값도 운용소득의 공익목적 사용실적인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.18 갱신

정관상 고유목적사업인 진료사업에 직접 쓰인 비용이라면 사용실적에 포함될 수 있습니다. 국세청은 의료인력 인건비, 의약품비, 진료재료비 등 진료에 직접 드는 비용을 운용소득의 직접 공익목적사업 사용실적으로 본다고 회신했습니다. 다만 의료법인의 모든 지출이 자동으로 인정되지는 않습니다.

정관상 고유목적사업인 진료사업에 직접 쓰인 비용이라면 사용실적에 포함될 수 있습니다. 국세청은 의료인력의 인건비, 의약품비, 진료재료비와 환자의 진료·치료에 직접 드는 비용을 운용소득의 직접 공익목적사업 사용실적으로 인정한다고 회신했습니다. 진료사업이 법인세상 수익사업이라는 이유만으로 그 비용을 일괄 제외할 것은 아닙니다. 다만 의료법인의 모든 지출이 자동으로 인정되는 것은 아닙니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 지역 종합병원을 운영하는 의료법인의 재무 책임자입니다. 법인은 2025 사업연도 운용소득을 약 40억원으로 계산했고, 그 80%인 32억원을 2026. 12. 31.까지 직접 공익목적사업에 써야 한다고 보고 있습니다. 그런데 진료사업이 법인세상 수익사업이라는 이유로 의사 인건비와 약값을 사용실적에서 빼면 실적은 약 9억원에 그칩니다. 이 경우 사용기준금액에 크게 못 미쳐 가산세가 걱정됩니다. A씨는 의사 인건비와 의약품비도 운용소득 사용실적에 넣을 수 있는지, 같은 방식으로 계산해 가산세를 낸 과거 연도는 어떻게 되는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

진료사업이 수익사업이면 공익목적 지출이 아닌가요?

각 규정이 판단하려는 대상을 구분해야 합니다. 법인세에서 사업 수익을 어떻게 과세하는지와 출연재산 운용소득을 정관상 공익목적에 사용했는지는 같은 기준으로만 판단하지 않습니다.

2026년 10월 7일 회신의 질의법인은 환자 진료와 공공의료 지원 등을 수행하는 의료기관이었습니다. 진료사업이 법인세상 수익사업이라는 점을 고려하여 의료인력 인건비와 의약품비 등을 운용소득 사용실적에서 제외했고, 그 결과 사용기준금액에 미달한 것으로 계산했습니다.

국세청은 정관상 고유목적사업인 진료사업을 위해 지출한 해당 비용은 직접 공익목적사업 사용실적에 포함된다고 답했습니다. 수익이 발생하는 사업이라는 분류만으로 실제 고유목적사업에 쓰인 지출을 모두 제외하지 않은 것입니다.

병원에서 지출하면 모두 인정되나요?

정관상 고유목적사업의 수행과 직접 관련된 비용인지 확인해야 합니다. 회신이 열거한 인건비와 약값도 진료사업에 직접 쓰였다는 전제가 있습니다. 병원 이름으로 결제했다거나 의료법인이 부담했다는 이유만으로 모든 비용이 사용실적이 되지는 않습니다.

진료인력과 다른 사업을 함께 담당하는 인력이 섞여 있다면 직무와 실제 근무 내용을 확인해야 합니다. 약품과 진료재료도 구입액만 볼 것이 아니라 해당 사업을 위한 지출인지 연결할 자료가 필요합니다. 임원 개인의 지출이나 특수관계자 거래의 적정성까지 이 회신이 인정한 것은 아닙니다.

회계계정 이름만 고유목적사업비로 바꾼다고 실적이 생기지는 않습니다. 정관, 사업계획, 비용의 수익자와 지급 상대방을 함께 보아야 합니다. 직접성이 분명하지 않은 관리비는 일률적으로 넣기보다 실제 기능과 안분 근거를 검토하는 것이 좋습니다.

공익법인 임원 급여에 관한 다른 세법상 제한은 「재단 임원의 목적사업 급여와 임대사업 급여를 나눠도 8천만원을 합산하나요?」에서 자세히 설명했습니다.

운용소득의 80%는 무엇을 기준으로 계산하나요?

운용소득은 통장에 들어온 총수입과 같은 말이 아닙니다. 시행령 제38조 제5항은 수익사업에서 발생한 소득금액과 출연재산을 수익의 원천으로 사용해 생긴 소득 등을 바탕으로, 제외할 소득과 세금·이월결손금 등을 반영하는 계산 구조를 정합니다. 그 운용소득의 80%에 상당하는 금액이 사용기준금액입니다.

따라서 진료비 수입의 80%를 무조건 지출해야 한다거나, 기부받은 원금의 80%만 쓰면 된다고 이해해서는 안 됩니다. 출연재산과 관련 없는 수익사업 소득, 재산 매각금액처럼 별도로 취급하는 항목도 확인해야 합니다.

기준금액과 실제 사용액 양쪽을 맞춰 보아야 합니다. 비용을 실적에 추가하는 과정에서 이미 다른 항목에 반영된 금액을 다시 더하지 않는지도 확인할 필요가 있습니다. 법에서 정한 평균금액 계산을 적용할 수 있는지 역시 개별 사업연도와 요건을 따져야 합니다.

사용실적이 늘어나면 이전 가산세도 바로 취소되나요?

개별 신고 내용과 계산을 다시 확인해야 합니다. 위 회신의 사실관계에는 질의법인이 사용기준금액 미달로 가산세를 신고·납부한 뒤 비용을 사용실적에 넣어야 한다고 주장한 경위가 나옵니다. 그러나 회신 자체가 특정 납세자의 세액을 취소하거나 환급하라는 처분은 아닙니다.

기존에 제외한 지출을 항목별로 확인하고 실제 진료사업과의 관련성을 입증해야 합니다. 적용 사업연도의 법령과 사용기한, 다른 조정항목까지 함께 대조한 뒤 과다 납부 여부를 검토해야 합니다. 불리한 과세처분을 받은 경우에는 그 문서와 송달일을 별도로 관리하십시오.

비용의 인정 범위를 다투는 문제와 법인이 공익법인등에 해당하는지 자체를 다투는 문제도 구별해야 합니다. 전제가 다른 분쟁에 이 회신의 결론만 가져와 적용해서는 안 됩니다.

공익법인 대응 순서

정관에 어떤 진료사업이 목적사업으로 정해져 있는지 먼저 표시하십시오. 이어 직원별 직무와 인건비 지급자료, 약품·재료 구매 및 사용내역을 해당 사업에 연결합니다. 여러 사업을 함께 수행하는 경우 비용을 배분한 기준도 남겨 두어야 합니다.

사업연도별로 운용소득 계산표와 사용실적표를 나란히 놓으면 누락과 중복을 확인하기 쉽습니다. 재산 원금 사용, 운용소득 사용과 매각대금 사용을 별도의 표로 관리하는 편이 안전합니다. 지출 사실만 있고 어떤 재원과 의무에 대응하는지 알 수 없으면 사후관리에서 같은 자료를 반복 제출하게 될 수 있습니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 유료 진료를 했어도 공익목적 사용인가요?
  유료라는 이유만으로 제외되지는 않습니다. 정관상 고유목적사업의 수행과 비용의 직접 관련성을 확인해야 합니다.
• 의사 급여는 금액과 관계없이 전액 인정되나요?
  해당 회신이 모든 급여의 적정성까지 보장하는 것은 아닙니다. 실제 업무, 지급 원인과 다른 세법상 제한을 따로 살펴야 합니다.
• 건물 신축비도 이 회신으로 인정되나요?
  이 회신은 진료사업에 직접 쓰인 인건비·약품비 등 비용을 다뤘습니다. 신축이나 자산 취득은 별도의 사후관리 규정과 구체적인 사용 상태를 확인해야 합니다.
• 통장 잔액이 많으면 사용기준 미달인가요?
  잔액만으로 판단하지 않습니다. 법정 운용소득 계산과 사용기한 안의 실제 실적을 비교해야 합니다. 운용소득은 통장의 총수입과 다르며, 소득이 발생한 사업연도 종료일부터 1년 이내의 실적이 그 80%에 미달하는지를 봅니다.
• 출연받은 재산 자체의 사용과 같은 계산인가요?
  서로 구별됩니다. 원금, 운용소득과 매각대금은 적용되는 사후관리 요건과 기한이 다를 수 있습니다. 운용소득은 사업연도 종료일부터 1년 이내 사용실적을 보고 매각대금은 별도의 사용기준이 있으므로 표를 나누어 관리하십시오.
• 다른 비영리법인도 똑같이 적용되나요?
  정관상 목적사업과 공익법인등 해당 여부, 지출의 직접성이 같은지 확인해야 합니다. 의료법인에 대한 사실관계를 모든 비영리단체에 일률적으로 확대할 수는 없습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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