세금

개발 외주계약이 도급 같다며 연구개발비 세액공제를 거부하면 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 맡긴 개발이 과학기술 분야의 진전을 이루는 활동이고 실패 위험을 맡긴 회사가 졌다면 다툴 수 있습니다. 대법원은 계약에 도급과 비슷한 조항이 있어도 연구개발 위탁비용으로 본 원심 판단을 수긍했습니다. 계약서 형식만 보고 공제를 포기할 필요는 없습니다. 다만 업무 효율화용 전산시스템 외주는 결론이 다릅니다.

네, 맡긴 개발이 과학기술 분야의 진전을 이루는 활동이고 실패 위험을 맡긴 회사가 졌다면 다툴 수 있습니다. 대법원은 계약에 도급과 비슷한 조항이 있어도 연구개발 위탁비용으로 본 원심 판단을 수긍했습니다. 계약서 형식만 보고 공제를 포기할 필요는 없습니다. 다만 업무 효율화용 전산시스템 외주는 결론이 다릅니다.

결과물을 납품받는 계약이면 연구개발 위탁비가 아닌가요?

계약 형식만으로 정해지지 않습니다. 사안의 원고는 거래소허가를 받은 회사로, 2011년부터 2014년까지 수탁업체 두 곳에 새 매매체결 시스템 개발을 맡겼습니다. 원고는 지급한 약 137억원이 연구개발비 세액공제 대상이라며 2017. 3. 29. 경정청구를 했습니다. 세무서는 2017. 5. 18. 이를 거부했습니다.

세무서는 이 돈이 연구개발 결과물을 구입한 비용일 뿐이라고 주장했습니다. 원심은 용역계약의 도급 유사 약정이 통상의 의무조항에 불과하다고 보았습니다. 개발 실패에 따르는 손실 위험은 원고가 종국적으로 부담한다는 점도 들었습니다. 대법원은 이 판단을 수긍했습니다.

원심은 알고리즘을 전면 재설계했고 수탁업체 한 곳과 공동명의로 특허를 다수 등록한 사정도 보았습니다. 이를 근거로 과학기술활동에 해당한다고 판단했고, 대법원도 이를 수긍했습니다. 과학기술활동인 이상 서비스활동에 해당하는지와 관계없이 공제 대상이라는 원심 판단도 유지됐습니다.

업무용 전산시스템 외주와는 무엇이 다른가요?

개발의 목표와 결과가 다릅니다. 대법원은 2024. 12. 24. 보험회사의 차세대 전산시스템 위탁개발은 과학기술활동이 아니라고 보았습니다. 기존 업무를 효율적으로 운영하고 고객 서비스를 개선하려고 당시 정보기술을 활용한 개발이었다는 이유입니다. 서비스활동을 위탁한 비용은 공제 대상이 아니라고 했습니다.

같은 판결은 위탁연구개발이면 수탁자 입장에서도 결과의 불확실성이 있어야 한다고 보았습니다. 2025. 1. 9. 카드회사 차세대 전산시스템 사건도 같은 기준으로 원심을 파기했습니다. 이 기준은 「외주로 만든 사내 전산시스템 개발비도 연구개발비 세액공제를 받을 수 있나요?」에서 설명했습니다.

현행 별표 6도 사업운영·관리·지원 시스템 개발 위탁비용을 뺍니다. 전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등이 여기에 해당합니다. 과학기술분야와 결합되지 않은 서비스 개발 비용은 자체 연구개발에 한정됩니다.

수탁업체 연구소가 직접 하지 않은 부분도 공제되나요?

2013년 이후 개시한 사업연도분은 원칙적으로 공제되지 않습니다. 2013. 2. 15. 개정 시행령은 기업 전담부서등에 맡긴 비용을 전담부서등에서 직접 수행한 부분으로 한정했습니다. 대법원은 이 규정이 2013. 1. 1.부터 개시하는 과세연도 분부터 적용된다고 보았습니다.

그래서 원고의 2013·2014 사업연도 부분은 파기환송됐습니다. 원심이 수탁업체 전담부서등이 직접 수행했는지 심리하지 않고 전액 공제를 인정했다는 이유입니다. 2011·2012 사업연도 부분에 대한 세무서의 상고는 기각됐습니다.

현행 별표 6도 전담부서등에 맡긴 경우 직접 수행한 부분으로 한정합니다. 대학, 정부출연연구기관, 연구산업을 영위하는 기업 등은 위탁 대상 기관으로 따로 정해져 있습니다. 어느 기관에 맡겼는지에 따라 증명할 내용이 달라집니다.

위탁 연구개발비 공제를 다투려면 어떤 자료가 필요한가요?

판결에서 결론을 가른 사실을 보여 줄 자료가 필요합니다. 2021두48359 사건에서 과학기술활동 판단의 근거는 세 가지였습니다. 독자 개발한 소프트웨어 비중, 알고리즘 재설계, 공동명의 특허입니다. 도급 유사 조항에 대해서는 실패 위험을 누가 부담했는지가 쟁점이었습니다.

따라서 기술 목표와 설계 변경 기록, 특허 출원 자료, 시행착오에 따른 비용을 누가 냈는지 보여 주는 정산 자료를 모읍니다. 2013년 이후 사업연도라면 수탁업체 전담부서등의 인정 자료와 투입 인력 기록도 필요합니다. 수탁자 입장의 불확실성도 판단 대상이므로 수탁업체가 해결한 기술 문제 기록을 함께 받아 둡니다. 세무서가 소송 중에 부인 이유를 바꾸는 경우는 「경정청구 거부 소송 중에 세무서가 거부 이유를 바꾸면 어떻게 다투나요?」에서 설명했습니다.

위탁 연구개발비 공제 부인 대응 순서

• 활동 성격 분류 - 맡긴 개발이 과학기술 분야의 진전을 목표로 했는지, 업무 효율화나 서비스 개선인지 먼저 나눕니다.
• 계약 위험 구조 확인 - 용역계약의 도급 유사 조항과 별개로 실패 비용을 누가 부담했는지 정산 자료로 정리합니다.
• 수탁기관 요건 확인 - 맡긴 상대가 별표 6의 위탁 대상 기관인지, 전담부서등이라면 직접 수행분이 얼마인지 사업연도별로 나눕니다.
• 경정청구와 심판청구 - 공제를 빠뜨린 사업연도는 5년 안에 경정청구하고, 거부 통지를 받으면 90일 안에 심판청구합니다.
• 행정소송 - 심판청구 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 거부처분 취소소송을 냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 개발의 기술 목표와 실패 위험 부담, 수탁기관의 종류와 사업연도에 따라 공제 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 연구개발비 세액공제 경정청구 거부처분에 대한 조세심판청구와 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 대법원이 돌려보낸 2013·2014년분은 어떻게 되나요?
  대법원은 이 부분을 부산고등법원에 환송했습니다. 수탁업체 전담부서등이 그 사업연도에 연구개발용역을 직접 수행했는지 심리하라는 취지입니다. 직접 수행한 부분에 한정해 공제 대상이 된다고 보았습니다.
• 해외 업체에 개발을 맡겨도 공제 대상이 되나요?
  될 수 있습니다. 현행 별표 6은 국외기업에 부설된 연구기관을 위탁 대상 기관으로 정합니다. 연구개발을 영리목적으로 독립 수행하거나 위탁받아 수행하는 국외 소재 기업도 포함됩니다. 맡긴 개발이 과학기술 분야여야 하는 점은 같습니다.
• 수탁업체가 다른 업체에 다시 맡긴 부분도 공제되나요?
  현행 별표 6은 위탁에 재위탁을 포함한다고 정합니다. 다만 위탁 대상 기관 요건과 전담부서등의 직접 수행 한정은 그대로 적용됩니다. 재위탁 경로와 수행 범위를 계약서와 정산 자료로 남겨 두어야 합니다.
• 서비스 개발과 기술 개발을 한 계약으로 맡겼다면 어떻게 되나요?
  과학기술분야와 결합되지 않은 서비스 개발 비용은 자체 연구개발에 한정되므로 위탁분은 빠집니다. 과학기술활동에 해당하는 부분은 공제 대상이 될 수 있으므로 모듈별로 비용을 나눠 두는 것이 좋습니다.
• 대기업도 위탁 연구개발비 세액공제를 받나요?
  받을 수 있습니다. 일반연구·인력개발비라면 증가분 방식은 초과금액의 100분의 25입니다. 당기분 방식은 수입금액 대비 비율의 2분의 1이고 100분의 2가 한도입니다. 중소기업·중견기업은 비율이 더 높습니다.
• 경정청구에 세무서가 2개월 넘게 답이 없으면 어떻게 하나요?
  통지를 기다리지 않고 불복할 수 있습니다. 청구를 받은 날부터 2개월 안에 통지가 없으면 2개월이 되는 날의 다음 날부터 심판청구 등을 할 수 있습니다.

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