세무조사

주식등변동상황명세서를 내면 국세청은 무엇을 분석하나요? 주식변동조사 선정 경로

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

법인이 법인세 신고 때 내는 주식등변동상황명세서는 국세청 전산에 쌓여 거래 유형별로 출력되고, 지방국세청 분석팀이 주식발행법인 단위로 모든 주주의 변동을 서면 검토해 조사선정, 누적관리, 선정제외로 나눕니다. 가족·임원 간 액면가 거래, 소득에 비해 큰 주식 취득, 양도대금이 다른 사람에게 흘러간 흔적, 불균등 증자·감자는 저가양수 증여나 명의신탁 혐의로 이어지는 대표적인 신호입니다. 지금은 회사의 연도별 주주명부와 명세서, 주식 대금이 오간 계좌 기록이 서로 맞는지부터 확인하십시오.

비상장회사의 주식 이동은 등기가 없어 겉으로 드러나지 않는다고 생각하기 쉽습니다. 하지만 회사가 해마다 내는 명세서에 주주와 변동 사유가 그대로 적히고, 국세청은 이 자료를 따로 분석하는 부서를 두고 있습니다.

이런 상담이 많습니다

금속 가공을 하는 비상장회사 B사의 대표 A씨는 회사를 세울 때 지인 두 사람의 이름을 빌려 발기인 주주로 올렸습니다. 그 뒤 15년 동안 법인세 신고 때마다 주식등변동상황명세서에는 변동 없음으로 적어 냈습니다. 2024년 지인 한 사람이 지분을 정리하겠다고 해 그 주식을 A씨 아들 명의로 옮기면서 명세서에 양수도로 적었지만, 실제로 대금은 오가지 않았습니다. 이듬해 지방국세청에서 아들에게 주식변동조사 사전통지가 왔고, 선정사유에는 주식 취득 경위와 대금 지급 여부를 확인한다는 내용이 적혀 있었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

주식등변동상황명세서는 언제, 무엇을 적어 내나요?

사업연도 중에 주식이나 출자지분 변동이 있는 법인은 법인세 신고기한까지 주식등변동상황명세서를 납세지 관할 세무서장에게 내야 합니다. 명세서에는 자본금 변동과 함께 주주별 기초·기말 주식 수, 양수·양도, 유상증자, 상속, 증여, 명의신탁 실명전환 같은 증감 사유와 지배주주와의 관계가 적힙니다. 부표인 주식·출자지분 양도 등 명세서에는 양도, 상속, 증여, 환원, 신탁 같은 변동 원인이 코드로 표시됩니다.

모든 주주의 변동이 다 적히는 것은 아닙니다. 비상장법인은 소액주주가 가진 주식, 주권상장법인은 지배주주와 그 특수관계인이 아닌 주주가 가진 주식의 변동을 명세서 제출 대상에서 뺍니다. 거꾸로 말하면 비상장회사의 대주주와 그 가족, 일정 지분 이상 주주의 거래는 빠짐없이 국세청에 들어간다는 뜻입니다.

이 명세서는 다른 신고를 대신하기도 합니다. 주식 명의개서 내용을 따로 제출해야 하는 경우 주식등변동상황명세서에 해당 사항이 있으면 낸 것으로 보고, 주주명부가 없는 회사라면 명세서로 명의개서 여부를 판정합니다. 명세서에 이름이 올라가는 순간 그 사람이 주주로 공시되는 셈이어서, 명의만 빌린 주주라도 세법상 명의개서가 이루어진 것으로 봅니다.

제출된 명세서는 어떤 순서로 분석되나요?

국세청 기준으로 흐름은 이렇습니다. 법인이 명세서를 내면 관할 세무서가 전산에 입력하고, 국세청 본청이 출력 기준을 정해 거래 유형별로 정기분석 자료를 뽑습니다. 이 자료는 지방국세청 조사국의 재산조사분석팀으로 넘어가 서면검토를 거치고, 결과는 조사선정, 누적관리, 선정제외 셋 가운데 하나로 정해집니다. 검토 결과는 전산에 입력되고 검토 보고서는 10년간 보관됩니다. 이 절차는 추후 변동될 수 있습니다.

분석은 주식을 발행한 법인 단위로 이루어집니다. 국세청은 주식발행법인별로 주식 변동이 있는 주주를 동시에 분석하고, 정기분석 자료로 선정할 때는 그 법인의 모든 주주를 심리분석해 혐의가 있는 주주를 모두 선정하도록 정합니다. 한 주주의 거래가 문제 되면 같은 회사의 다른 주주 거래도 함께 들여다본다는 뜻입니다. 가족 가운데 한 사람만 해명안내를 받았더라도 다른 가족 주주의 거래까지 함께 점검해 두는 것이 좋습니다. 이 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

담당 부서도 정해져 있습니다. 서면검토는 주식발행법인 본점 소재지를 관할하는 지방국세청이 맡고, 계열 법인이면 모법인 본점 소재지 지방청이 맡습니다. 실제 조사는 조사 대상 주주의 납세지 관할로 하되, 관할이 다르면 조정할 수 있습니다.

서면검토에서 중점적으로 보는 거래는?

국세청이 서면검토의 중점으로 든 것은 주식 명의신탁, 불균등 증자·감자, 합병·분할, 신규 상장, 저가 양수·고가 양도, 현물출자를 통한 탈루입니다. 전환사채나 신주인수권부사채의 발행과 전환을 통한 이익, 여러 거래를 결합한 장기간의 자본거래도 대상입니다. 특히 고액 주식 취득이나 이전이 있으면 취득자의 자금출처와 양도자의 양도대금 사용처를 반드시 함께 검토하도록 합니다. 이 검토 항목은 추후 변동될 수 있습니다.

가장 흔한 쟁점은 특수관계인 사이의 가격입니다. 특수관계인끼리 시가보다 낮거나 높은 값으로 주식을 사고팔면, 대가와 시가의 차이가 시가의 30%와 3억원 가운데 적은 금액 이상일 때 그 차이에서 기준금액을 뺀 금액이 이익을 본 사람의 증여재산이 됩니다. 비상장주식의 시가는 대부분 보충적 평가방법으로 계산하므로, 액면가 거래는 회사 가치가 액면을 넘는 순간 이 기준에 걸리기 쉽습니다.

법인 주주가 다른 주주와 시가와 다른 값으로 거래하거나 자본거래로 이익을 나눠 준 혐의가 있으면, 그 법인 주주에 대해 법인세 부분조사를 할 수 있습니다. 주식변동 검토가 개인 주주의 증여세에서 끝나지 않고 법인세로 이어질 수 있다는 뜻입니다.

명의신탁은 어떤 패턴으로 의심받나요?

국세청은 명의신탁 검토의 착안점으로 상장 직전 대량 주식 변동, 한꺼번에 많은 주식이 움직인 경우, 창업 2세나 배우자 등의 지분 증가, 자금 능력이 불분명한 신규 주주의 대량 매입을 듭니다. 중점 검토 대상은 사주 일가의 친인척, 회사나 계열사 임직원과 그 친인척, 하청업체 관계자, 회사와 관련된 사업 이력이 없거나 멀리 사는 사람처럼 주식을 살 개연성이 낮은 주주입니다. 이 검토 항목은 추후 변동될 수 있습니다.

확인 방법도 구체적입니다. 주주의 소득 발생 내역과 재산 보유 현황, 나이로 보아 스스로 살 수 있었는지를 보고, 배당금이 실제로 누구에게 갔는지 확인합니다. 여러 차명 주주의 배당금이 같은 지점 계좌로 들어가거나 결국 사주에게 돌아갔다면 명의신탁의 유력한 자료가 됩니다. 명의자가 주식을 판 뒤 그 사람 재산이 늘지 않았다면 양도대금이 다른 사람에게 갔다는 신호로 봅니다.

명의신탁으로 판단되면 실제 소유자가 명의자에게 증여한 것으로 보아 증여세를 매기고, 조세 회피 목적은 있는 것으로 추정되므로 목적이 없었다는 점은 납세자가 보여 주어야 합니다. 명의신탁 증여의제도 일반 증여세와 같이 부과제척기간이 원칙 10년, 무신고 등은 15년이고, 부정행위로 포탈한 경우로서 재산가액이 50억원을 넘으면 과세관청이 안 날부터 1년 안에 과세할 수 있는 특례도 있습니다.

급여 대신 준 주식이나 퇴직 임원의 주식 매도는 왜 다시 보나요?

급여나 성과 보상으로 준 주식은 처리 방식에 따라 세금 성격이 완전히 달라집니다. 약정서를 쓰고 근로소득으로 처리했다면 근로의 대가로 설명되지만, 아무 서류 없이 액면가로 넘겼다면 국세청 자료에는 특수관계인 사이의 저가 양도로만 남습니다. 대금을 전혀 받지 않았다면 저가양수를 넘어 이름만 빌린 명의신탁이 아닌지 의심받는 출발점이 됩니다.

이런 주식을 받은 임원이 퇴직한 뒤 여러 사람에게 나눠 팔면 그 거래가 새로 명세서에 올라가고, 누적관리 중이던 예전 거래를 다시 검토하는 계기가 됩니다. 국세청은 주식을 받을 때 대가를 제대로 치렀는지, 퇴직 후 팔면서 받은 대금이 누구에게 갔는지를 함께 봅니다. 급여 대신 받은 정당한 몫이라고 설명하려면 당시 급여가 실제로 줄었다는 자료, 주식 보상을 정한 문서, 매도 대금이 본인 계좌에 남아 있는 기록이 필요합니다. 이 유형은 「급여 대신 받은 주식을 퇴직 뒤 팔았더니 명의신탁을 의심받는 이유는?」에서 자세히 다룹니다.

어떤 경우에 주식변동조사 대상자로 선정되나요?

국세청이 예시한 선정 기준은 다섯 가지입니다. 사주 본인이나 가족·친인척이 직접 관여해 거래 정황이나 장부 조작으로 탈루를 숨긴 혐의, 명의신탁이나 불균등 증자·감자, 신규 상장 이익 등 자본거래를 이용한 탈루의 명백한 자료, 회계감사 결과나 금융위원회 불공정거래 조사 자료 등 공시 자료에서 포착된 구체적 혐의, 부과제척기간이 1년 안에 끝나는 등 긴급 조사가 필요한 경우, 혐의가 중대하거나 장기간 자본거래로 조세를 회피한 혐의입니다. 이 선정 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

정기분석과 별도로 수시 선정되는 경로도 있습니다. 탈세제보와 다른 조사의 파생 자료, 법인 통합조사 중 그 법인 주주에 대한 주식변동조사가 필요한 경우, 상속세·증여세 결정 때 받은 주식 관련 조사가 필요한 경우, 자체 기획분석이나 언론보도 등으로 구체적 혐의가 포착된 경우입니다. 회사가 법인세 조사를 받게 되면 주주의 주식 변동까지 함께 검토될 수 있는 이유입니다.

주식변동조사는 국세기본법상 조사기간 연장 제한이 적용되지 않는 유형입니다. 다만 과거 서면확인이나 소명 요청에 응한 이력이 있으면 그 절차가 실질상 세무조사였는지 검토해야 하고, 국세청도 납세자가 종전 통지서를 제시하며 중복조사를 주장하면 확인될 때까지 조사를 일시 중지하도록 합니다. 이 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

누적관리로 분류된 자료는 언제 다시 꺼내지나요?

누적관리는 혐의 내용이나 금액이 작거나, 처리 실익이 적거나, 앞으로의 주식 변동과 함께 처리하는 것이 효율적일 때 붙는 분류입니다. 국세청은 누적관리 자료를 관리대장에 기록하고 1년에 한 번 이상 일괄 재분류 검토하도록 합니다. 이 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

수시로 다시 검토하는 사유도 정해져 있습니다. 그 법인에 새 주식 변동이 생긴 경우, 법인이 법인세 조사 대상으로 선정된 경우, 같은 법인의 다른 주주가 주식변동조사 대상이 된 경우, 탈루 혐의와 관련한 새 자료가 들어온 경우입니다. 몇 년 전 액면가로 넘긴 주식을 받은 사람이 퇴직 후 여러 사람에게 나눠 팔면, 그 새 변동이 예전 거래를 다시 꺼내는 계기가 됩니다. 2001. 7. 23. 이전에 설립된 중소기업의 발기인 명의신탁처럼 요건을 갖춘 경우에는 명의신탁주식 실제소유자 확인 절차로 정리할 수 있는 길도 있습니다.

주식 변동 전 점검 대응 순서

• 연도별 주주 변동표 작성 - 설립부터 지금까지 주주명부와 명세서로 주주별 주식 수와 지분율 변동을 표로 만듭니다. 명세서와 실제가 다른 해를 표시합니다.
• 가격 근거 확인 - 특수관계인 거래는 거래 전에 상증법상 평가액을 계산하고 그 근거를 보관합니다. 액면가 거래가 있었다면 당시 평가액과 차이를 다시 계산해 봅니다.
• 대금과 배당 흐름 정리 - 주식 대금이 실제로 오간 계좌 기록과 배당금 수령 계좌를 주주별로 확인합니다. 대금 없이 이전된 주식은 증여인지 명의신탁인지 정리합니다.
• 명의신탁 주식 정리 계획 - 차명 주식이 있으면 실명전환 방법, 제척기간, 환원 시 신고 의무를 함께 검토합니다. 정리 전에는 차명 주식을 새로 사고팔지 않습니다.
• 해명 안내 대응 - 주식 변동 해명자료 제출 안내를 받으면 문제 된 거래와 앞뒤 거래를 함께 점검하고, 제출 자료와 면담 기록을 남깁니다.

여기까지는 일반 기준이고, 비상장주식 평가와 명의신탁 여부는 회사 재무 자료와 주주별 자금 흐름을 놓고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 주식 명의신탁과 주식변동 관련 증여세 쟁점 검토, 세무조사 대응과 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 주식등변동상황명세서를 안 내면 어떻게 되나요?
  명세서를 내지 않거나 변동 사항을 빠뜨리거나 불분명하게 내면 해당 주식의 액면금액 또는 출자가액의 100분의 1을 가산세로 내야 하고, 산출세액이 없어도 적용됩니다. 주주 변동은 다른 자료로도 확인될 수 있으므로 정확히 내는 편이 낫습니다.
• 액면가로 주식을 넘기면 무조건 증여세가 나오나요?
  특수관계인 사이에서 대가와 시가의 차이가 시가의 30%와 3억원 가운데 적은 금액 이상일 때만 과세되고, 그 차이에서 기준금액을 뺀 금액이 증여재산이 됩니다. 회사 가치가 액면가 수준이면 문제가 없을 수 있으므로 거래 당시 평가액을 계산해 두십시오.
• 직원 이름으로 주식을 올려 두면 명의신탁인가요?
  실제 소유자와 명의자가 다르면 명의신탁 증여의제 대상이 될 수 있고 조세 회피 목적은 있는 것으로 추정됩니다. 직원이 실제로 대금을 내고 주식을 샀다면 대금 지급 기록과 배당 수령 내역으로 그 사실을 보여 주어야 합니다.
• 주식변동조사는 얼마나 걸리나요?
  주식변동조사는 국세기본법상 조사기간 연장 제한이 적용되지 않는 유형이어서 사안에 따라 길어질 수 있습니다. 국세청은 회사 규모와 명의신탁 여부, 함께 조사하는 주주 수에 따라 기간을 정하도록 하고 있습니다. 이 기준은 추후 변동될 수 있습니다.
• 회사가 법인세 조사를 받으면 주주도 조사받나요?
  국세청은 법인 통합조사 중 그 법인 주주에 대한 주식변동조사가 필요하면 수시로 선정할 수 있게 하고 있습니다. 법인 조사 과정에서 주주 명의신탁 소명을 요구받았다면 그 기록을 보관해 두는 것이 이후 중복조사 판단에 도움이 됩니다. 이 기준은 추후 변동될 수 있습니다.
• 오래된 명의신탁 주식도 지금 과세될 수 있나요?
  명의신탁 증여의제는 무신고면 부과제척기간이 15년이고, 재산가액이 50억원을 넘는 등 요건에 해당하면 과세관청이 안 날부터 1년 안에 과세할 수 있는 특례도 있습니다. 명의개서 시점과 신고 여부를 기준으로 기간을 계산해 보아야 합니다.
• 차명 주식을 국세청 확인으로 정리할 수 있나요?
  2001. 7. 23. 이전에 설립된 중소기업으로서 실제소유자와 명의수탁자가 모두 설립 당시 발기인인 경우 등 요건을 갖추면 명의신탁주식 실제소유자 확인 신청을 할 수 있습니다. 요건에 맞지 않으면 합의나 소송 등 다른 방법을 검토해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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